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濁水溪出海口長久以來因為缺乏植被，每年東北風季節常引起沙塵，嚴重影響當地民眾生活，為了解決揚塵問題，第四河川局與雲林縣府聯合治理，以水覆蓋、綠覆蓋等工法改善環境，現在甚至成為野鳥樂園，目前四河局將再斥資4700萬元結合地方創生打造成生態基地，讓民眾能到此遊憩。
彰化溪州有民眾的住家出現裂縫和房屋受損的狀況，而且有逐年擴大的現象，他認為是因為國軍長期在濁水溪畔火砲射擊所導致，要向軍方申請賠償。軍方說明，也要求要有第三方公正單位舉證才能申請。
為了要改善濁水溪揚塵問題，近年來中央與雲縣府合作共同以綠覆蓋、水覆蓋等防治揚塵措施漸看到成效，揚塵事件日從106年共59天降到110年只剩6天，但為了再改善斗六市地區空品，環保局也邀集專家學者匯集意見，針對斗六地區空品問題研擬改善政策，改善市區空氣品質。
夾在大肚溪口和濁水溪口之間的彰化海岸，在河流與洋流的沖積下，造就出全台最大的泥灘地，孕育了豐富生態。不過，芳苑和大城沿海，卻長期遭受紅樹林和互花米草兩種外來植物大舉入侵，最內陸的灘地，幾乎要變成樹林。
水利署地層下陷監測資料顯示，今年5月份雲林縣地層下陷面積達到502平方公里，後來透過濁水溪河槽補水地下水位陸續回升，下陷面積減緩，但也比去年還要多，持續推動農田轉作、開闢補注地下水源，以減緩下陷確保高鐵安全。
東北季風來襲，昨（22）日位在濁水溪沿岸，颳起風速每秒22公尺，如輕颱的強風。以往若是東北季風強，位在麥寮鄉因揚塵根本無法看到北岸的彰化，但經第四河川局與雲縣府共同治理，透過水覆蓋在濁水溪挖22個水井、抽取伏流水，再埋一公里水線與設200個灑水器抑制揚塵，目前獲得有效控制未達紫爆。
雲林縣濁水溪南岸林內鄉段，目前在施做第四水力發電工程。不過兩個月以來，台電所委託的包商未做好圍籬、工地防塵護網與噴水，造成鄰近林北村、林中村揚塵嚴重。居民因為生活品質受影響聚集到工地抗爭，要求立即改善，工程單位允諾改善後才會復工。
為了解決雲林沿海地區文蛤、蚵殼等養殖殼貝廢棄物，造成環境與衛生髒亂。雲縣府在萡子寮漁港南側，增設殼貝類廢棄物暫置場，提供養殖業者暫置文蛤等殼貝類廢棄物，再加工做為濁水溪定砂用料或飼料添加物，希望不僅減少文蛤殼亂堆置，也能將農廢變身循環再生經濟。
