全台染疫人數飆破百萬，但仍有許多人等不到居隔書。新北市長侯友宜槓上中央，說出忍無可忍，引發熱議。針對中央25日將優化新系統並上線，侯友宜上午表示，希望中央正視問題。至於台北市長柯文哲不滿總統蔡英文宣布在松山機場增設篩檢站，痛批中央瞎指揮。
台中烏日林新醫院一名物理治療師確診隔離，7天期滿解隔後，雖然快篩陽性，仍依舊返回工作職場，引發爭議。院方表示一切都依照中央與台中市衛生局規定，不過台中市府今天的記者會，則建議應該要讓這名勞工在家休息，快篩陰之後再來上班，爭議暫時無法平息。
台北和新北的確診個案突破3萬例，指揮中心宣布，要在北北基桃新設大型採檢站，而新北市長侯友宜表示，會配合設立，但也強調說，設置再多也無法解決問題，呼籲中央趕快將快篩陽視為確診。至於台北市長柯文哲，則是呼籲中央，不要亂下命令，不能只看擴大採檢，還要看檢驗的量能是否充足。
中央開放有瘦肉精的豬肉進口，臺北、臺中、嘉義等市議會，訂出袂使驗出瘦肉精的自治條例，去予中央宣告無效，地方申請釋憲，憲法法庭今仔日做出判決。認為中央政府的作法並無違背憲法。也就是講，未來地方袂使家己訂檢驗標準，這標準愛由中央來訂。國民黨就跳出來批評中央干涉地方自治傷過頭，也犧牲人民的健康。
中央開放萊豬進口，台北、台中、嘉義等市議會，訂出萊克多巴胺零檢出的自治條例，隨即被中央函告無效，因此聲請釋憲，憲法法庭今（13）日判決，中央作為，並沒有逾越憲法，判決合憲，地方表示遺憾，國民黨更抨擊政府，過度干預地方自治，也犧牲人民健康。
本土確診單日破5萬，其中台北破1萬、新北則突破1.6萬。而台北市長柯文哲，預估在下星期疫情會達到洪峰，要做好準備迎戰，而北市也加開南區車來速PCR篩檢站，將會在明天上路，要擴大篩檢量能。至於新北市長侯友宜，是向中央喊話，希望中央能盡速把快篩陽，視同確診的配套做好，並因地制宜，還以快篩劑缺貨為例，認為「總統講話比較有用」。
全台疫情持續升溫，快篩試劑供不應求，近來地方政府因為快篩試劑分配槓上指揮中心，指揮中心表示，經過各縣市評估及回報後，5月6日已通知地方政府配送地點。不過台北市副市長黃珊珊表示，中央雖然答應要撥發快篩劑給地方，但是速度趕不上需求，希望中央儘快讓民眾取得快篩劑，新北市副市長侯友宜也說，快篩劑量能愈多愈好，讓民眾買得到而且價格便宜。
疫情擴大，中央與病毒共存的政策引發討論，國民黨副主席連勝文批評民進黨是政治考量，害怕疫情影響年底選舉。行政院長蘇貞昌表示，這是專家學者第一線的專業決定。台北市長柯文哲認為台灣不可能永遠鎖國，要打開邊境就要與病毒共存，這是不得已的選項。另外柯文哲與新北市長侯友宜同時呼籲中央重視疫情快速發展，可能導致醫療崩潰的風險，應盡快通過快篩陽性再做PCR的政策與相關配套措施。
因為民間搶購，還有國家的徵用政策，讓新冠快篩試劑一劑難求，在台東有藥局已經快2星期沒有進貨，而且各縣市政府的庫存量也告急。而台南市長黃偉哲也向中央喊話，讓地方自行採購；至於桃園市長鄭文燦則呼籲中央，要讓地方保有人口10%的安全備量。對於外界關注的「快篩實名制」什麼時候要啟動，指揮官陳時中表示，已經在最後時序盤點，很快就會上路。
