5月11日，國內新增7件本土確診個案，創下單日新增本土確診案例最多紀錄，也宣告台灣從零星境外移入階段，進入「社區感染」狀態。5月15日，本土確診數新增180例，行政院緊急決議即日起雙北防疫升至第3級警戒，19日，疫情擴大至全台過半縣市，全台升為第3級警戒，25日，指揮中心宣布三級警戒延長至6月14日，民眾外出時全程佩戴口罩，停止室內5人以上、室外10人以上聚會，僅保留維生、秩序維持、必要性服務、醫療及公務所需之外，其餘營業及公共場域關閉，營業及公共場域落實戴口罩並保持社交距離。
指揮中心31日公布國內新增274例本土個案、73例校正回歸，總計347例。確診個案中新增15例死亡，另有4例境外移入。所有本土個案共347例，以新北市171例最多，其次為台北市122例，桃園市27例，彰化縣10例，台中市5例，基隆市及苗栗縣各3例，新竹市2例，花蓮縣、澎湖縣、高雄市及新竹縣各1例。其中293例有雙北活動史，其餘縣市54例中2例有萬華活動史，46例已知感染源，6例關聯不明。升三級警戒兩週，陳時中指出，此波疫情中，代表傳播力的Rt值從5月13日的15，降至5月30日的1.02，「目前疫情朝向可控範圍前進，是比較好的情況」。
指揮中心30日公布國內新增266例本土COVID-19確定病例，校正回歸本土個案89例，總計355例。另新增11例死亡個案，自2019年底疫情爆發至今，台灣累計死亡人數破百，達110例。
自22日公布校正回歸數後，今(30)日公布數字降至百例以下，指揮官陳時中表示，校正回歸數漸次降低，代表檢測和申報程序逐漸跟上速度，加上健保即時申報系統來取代原來申報系統，但陽性個案還是須直接通報，能更迅速掌握病患整體狀況。
29日新增21例死亡，單日死亡人數再創新高。死亡個案中，有13名男性、8名女性，年齡介於30多歲至90多歲。其中案5791是土城區36歲的男性無慢性病史，因接觸確診家人感染，指揮中心證實，是這波社區感染中最年輕的患者。
指揮中心28日開放地方政府和企業，提出申請採購國外疫苗。宗教團體國際佛光會，打算捐贈50萬劑美國嬌生疫苗；鴻海創辦人郭台銘也規劃申請購買疫苗。對此疫情指揮官陳時中表達感謝，但強調購買疫苗，必須要由中央控管，統籌執行。
國內28日新增557例新冠肺炎確診，其中297例本土個案、2例境外移入，校正回歸258例，新增本土個案分布仍以雙北最多。此外，新增19例死亡個案，死亡人數再創新高。死亡個案年齡介於40多歲到80多歲，多有慢性病史，有10例有萬華活動史。所有案例中，與萬華活動史相關110例、茶藝館相關9例、某社團相關1例，關聯不明143例。
新增本土個案分布仍以新北市136例最多，其次為台北市94例，桃園市21例，台中市10例，花蓮縣9例，彰化縣7例，基隆市及台南市各6例，嘉義市2例，新竹縣、屏東縣、台東縣、南投縣、新竹市及高雄市各1例。指揮官陳時中指出，經校正回歸後每日確診數未明顯下降，「並不是太好的狀況，代表相關的措施速度還是不夠快」，但他也強調，病例數沒有突然上升，代表三級警戒防疫有一定的成效。
台北市28日宣布9項短期紓困措施，市長柯文哲強調，紓困計畫先執行三個月，暫定至七月為止，但疫情未見趨緩，他相信，一定會再延長。台北市的九大紓困方案，包括延稅、降稅、減租、免租、延租、優息、補貼、企業融資以及勞工紓困。
新北市政府提出十大防疫助扶方案，侯友宜強調，紓困會以「從寬、從快、從簡」等原則，讓需要的市民可以盡快獲得扶助。紓困申請將持續到8月31日，項目包含民生救助、青年見習、勞工紓困、社宅租金緩繳、租金及權利金減收、娛樂地方稅減免、藝文支持、罰單緩繳、農業銷售、建期展延等。
國內27日新增405例新冠肺炎確診，其中401例為本土個案、4例境外移入、校正回歸266例，確診者年齡出現百歲以上，另13例死亡也創新高，校正回歸後仍以5月17日和5月19日為確診高峰。中央流行疫情指揮中心指揮官陳時中表示，若從確診趨勢來看，目前疫情仍未趨緩。
指揮中心宣布兩項解隔離條件，無症狀或輕症個案，須符合退燒至少1天、症狀緩和，且距發病日達10天，經由衛生單位開立居家隔離通知書，即可從醫院或集中檢疫所返家，進行7天居家隔離。隔離治療個案如果符合退燒至少1天，且症狀緩解、距發病日達10天、一次呼吸道檢體檢驗陰性或Ct值大於等於30，經開立自主健康管理通知書，即得解除隔離治療，進行7天自主健康管理。
41萬劑AZ疫苗分兩階段配發，5月27日正式配發第一批，共15萬劑。指揮中心強調，首要施打對象為雙北地區，第1類到第3類未曾接種者優先。另外，剩餘26萬劑疫苗，預計6月10日配發，以全國第1類到第3類人員，未曾接種者優先施打。
紓困4.0原則主要重點為「個人加快」、「產業加強」以及「貸款加碼」。其中個人加快將以去年建立的發放制度為基礎，加速撥付款項；產業加強部分將立即寬列支援受影響之產業；貸款加碼部分則為增加額度，並改採數位分流以簡化申請流程。相關紓困4.0措施申請將延長至2022年6月30日，盼能達成「護勞工、助產業、增效率」的目的。
本土疫情未見趨緩，下一批疫苗何時抵台引發各界關注，台北市長柯文哲27日再度批評中央政府採購疫苗政策，「這個時候既不是面子，也不是意識形態，也不需要去政治操作。」對於國產疫苗，他認為，台灣應該採用韓國策略，從代工做起，「因為代工是台灣的強項啦。」柯文哲表示，台灣要自己做品牌將會非常吃力。
今天國內新增304例新冠肺炎確診，302例本土個案、2例境外移入，校正回歸331例；此外新增11例死亡個案，分別為9男2女，7人有慢性病史、9人有萬華活動史。校正回歸後高點仍維持在5月17日，其次為5月19日，陳時中表示，整體疫情目前未惡化，但是否改善仍待觀察。
指揮中心26日宣布要落實5大措施，包含外出全程配戴口罩，不再勸導逕予開罰、嚴查不得營業的娛樂場所、餐飲一律外帶並加強賣場與超市的人流管制、結婚不宴客、喪禮不公祭、宗教集會活動全面暫停辦理。
台灣本土疫情延燒，疫苗數量不足再次引發地方首長不滿。針對26日中國國台辦表示，願意免費提供疫苗協助台灣，市長柯文哲表態，如果政府要把國家命運賭在國產疫苗上面，「這個要想清楚」，他坦言，台灣是國際孤兒，國產疫苗在短期內不見得能順利取得國際認證，取得認證的中國製疫苗不是不能考慮。
國內26日新增302件本土新冠肺炎確診案例，加上331例校正回歸，其中新北市新增152人，以板橋區37人為最多，其次是中和區27人，再來是新莊、三重區各15人。新北市長侯友宜呼籲，目前新北市還有一些傳統市場在營業，希望業者能自主停業，但攸關市民維生系統，因此提醒到市場購買的民眾：「一次就買夠、減少次數、買好就走、不要逗留」。
因應疫情延燒，疫情指揮中心指揮官陳時中25日宣布，全國第3級警戒延長至6月14日。國內25日新增281例本土病例，個案分布仍以雙北最多，新北市154例，台北市49例。校正回歸個案261例中，台北市155例最多，其次為新北市89例。綜上所有個案，其中萬華活動史相關186例、茶藝館相關28例、某社團相關2例、某水果商相關7例、其他已知感染源122例、關聯不明111例、疫調中86例。另外25日又增6例死亡個案，多有慢性病史。
疫情升溫，教育部長潘文忠25日表示，為降低群聚感染之風險，維護學校師生健康及學習權益，全國各級學校及公私立幼兒園停止到校上課延長至2021年6月14日止；兒童課後照顧服務中心、補習班等各類教育機構亦停止前往，留在家中學習。
25日再增6例確診死亡案例，此波本土疫情自5月18日以來，已造成23名確診者死亡。專家諮詢小組召集人張上淳指出，「此波疫情重症比例比以前看到更高，預期會死亡的個案可能也會持續出現」。指揮官陳時中表示，6月會有200萬劑疫苗抵台，至8月底，將有進口與國產疫苗共1000萬劑疫苗到貨。
國內新冠肺炎本土疫情嚴峻，確診人數短短十天就增加三千例個案，尤其雙北地區的醫療量能吃緊，台北市長柯文哲呼籲中央放寬專責病房，可以兩人一室。對此疫情指揮中心鬆口，各區可視病患收治情況彈性調整，不限一人一室。
雙北三級警戒邁入第二週，指揮中心24日公布，國內新增334例本土COVID-19確診病例，另有256例為校正回歸個案，總計590名確診。此外，24日再新增6名死亡個案，皆為60至70多歲長者，多數有慢性病史。
24日新增個案以新北市177例最多，其次為台北市99例；熱區分別為板橋43例、萬華38例。另桃園市19例、彰化縣12例、基隆市及台中市各7例、高雄市5例、屏東縣及台南市各3例、南投縣及新竹縣各1例。其中萬華活動史相關258例、茶藝館相關100例、某社團相關4例、某水果商相關3例、其他已知感染源80例、關聯不明121例、疫調中155例。
指揮中心指揮官陳時中24日表示，全國三級警戒暫時維持至5月28日，但專家建議要將三級警戒延長，目前仍在研議當中。
台北市長柯文哲今天下令，北市20家急診責任醫院快篩站以快篩為主，快篩為陽性者PCR要優先送檢，把握時間切斷傳播鏈。北市傳出有50位確診個案失聯，到24日為止，還有31人失聯。
副市長黃珊珊24日宣布，啟動台北市線上專款專戶平台，捐款會使用在新冠肺炎疫情防疫照顧服務，包括第一線防疫和醫護人員補助、購買快篩試劑、防疫住宿、協助弱勢市民等項目。
新北市疫情嚴峻，今天新增新莊、三重兩處熱區防疫中心。市府統計截至24日，全市共有1771人確診，以板橋區441人確診最嚴重，侯友宜坦言，新北市確診個案八成以上有萬華接觸與活動史，他認為5月28日解除三級警戒並不樂觀。
國內23日新增287例本土案例，另有170例校正回歸，個案分布仍以雙北(新北市142例、台北市77例)最多。另外今日新增6例死亡個案，年齡介於50多歲至80多歲。
指揮中心指出，新增6例死亡個案，除了案2384為80多歲女性，其他5名男性死亡病例皆有慢性病史，至於案2384，家屬雖說無慢性病史，指揮中心將再查證。專家諮詢小組召集人張上淳表示，4/15至今的2795件個案分佈，主要是集中群聚及中高年齡，還有慢性病史者。60歲以上族群仍佔所有確診者的37％，且這個族群有18%是重症狀況。
指揮中心說明，校正回歸後，5月1日起每日採檢陽性率最高點仍落在5月15日，但從6.3%降至5.8%；23日採檢陽性率和昨日相比也微幅上升，從2.8%升高至3.4%。為了避免校正回歸數字影響疫情判斷，指揮官陳時中表示，未來將簡化通報系統，包含簡化欄位、改善送驗單號難取問題、重複登打等問題。
22日為全台提升至三級警戒的第一個週末，指揮中心宣布今日新增321例本土個案，以及400例自5月17日至5月21日因檢驗延遲通報的個案，共計721例本土確診。指揮官陳時中表示，「一定要回歸回去，才能看清疾病發展情況」，且不能單以721例解讀疫情，「沒有蓋牌，而是掀牌」。此外，今日再增2名死亡案例，皆為70歲以上男長者，其中一名無接觸史、活動史，20日死亡後採檢確診。
對於「校正回歸」導致新北市確診數爆增384例，新北市長侯友宜表示，21日晚上得知消息後，有跟衛福部長陳時中通電話，「他很誠懇的跟我說，他也在找原因。」，侯友宜表示，中央、地方在通報上的確存在時間上的落差，因為篩檢塞車，光新北市最高達落差6天。侯友宜呼籲，成立國家篩檢隊，中央地方防疫一起來，以免時間落差造成防疫破口。
台北市22日包含校正回歸，共計有269例本土個案，萬華174例仍屬疫情熱區。柯文哲表示，雖昨日快篩陽性率略為上升至7％，但反應的是一至二週前的狀況，民眾自主封城的效果要在下週才能驗證。針對校正回歸，柯文哲認為，是行政流程未因應採檢數量調整所導致，中央應思考，是否仍要堅持以PCR檢測結果作為確診統計依據。
因應第三級警戒，指揮中心呼籲減少跨地區的人員流動，行政院人事行政總處22日宣布，雙北地區中央機關公務員半數在家上班，經濟部長王美花也呼籲企業，提升員工在家上班比例。
本土疫情嚴峻，網路上也出現許多假訊息。台中有一名男子在網路社群轉貼「每人補助疫情援助金1萬元」的不實訊息，21日下午在台中市東區被警方逮捕。另外在媒體的直播中，出現「蔡英文已經確診還沒有宣布」的不實訊息，刑事局追查發現，IP位址來自境外，不排除是中國網軍所為。指揮中心就對假訊息喊話，「你敢傳，我們就敢偵辦」。
國內21日新增312例本土，自5月15日雙北升為三級警戒後，連續7天本土病例破百。確診者居住縣市以新北市144例最多，其次為台北市127例，桃園市13例、基隆市9例、台中市及彰化縣各5例、高雄市4例、宜蘭縣2例、屏東縣、南投縣、雲林縣各1例。
新北市21日有144例確診，2496位匡列為居家隔離，除了今(21)日增設輔大、新店、中和三處篩檢站，市長侯友宜宣布，明(22)日將再新增一處「三重聯醫」社區篩檢站，共計25處篩檢站，增加採檢量能。另外，即日起成立新北疫調分析中心，由衛生局和警察局合作，以辦案方式進行疫調、釐清確診者足跡。
台北市長柯文哲宣布，將北市防疫旅館分成三級，第一級為提供從境外入境、需要居家檢疫14天的防疫旅館；第二級則專收被匡列、需要居家隔離民眾；第三級則是專收快篩、PCR陽性確診，但屬於輕症或無症狀案例，稱為「加強版防疫專責旅館」。柯文哲強調，徵召退休、離職醫護進駐防疫旅館，類似「台版的方艙醫院」，便可在不消耗大量醫療資源前提下，就近觀察輕症者的病況。
全國升級三級警戒，外出一律要戴上口罩，21日全國防疫會議統一拍板決定，獨自一人開車不用戴口罩，自行開車兩人以上應佩戴口罩，針對未戴口罩開罰程序，需依照傳染病防治法，先勸導再開罰。
國內累計本土確診人數超過千人，其中15人死亡，國內醫師示警，60歲以上感染者佔1/3，49歲以上則佔近2/3，擔心重症比例增加後將對醫療量能產生衝擊。指揮中心專家小組召集人張上淳對此回應，疫情爆發前，已請疾管署增加抗病毒藥物的採購數量，如類固醇，能幫助重症病人減少死亡率，此外專家小組增加臨床治療的新指引，包括加入能改善重症的抗體藥物，希望盡力給予重症病人治療。
國內新冠肺炎疫情嚴峻，因應地方政府防疫物資，疫情指揮中心表示，已先撥補3000萬片醫療口罩及28萬多件隔離衣。今天加碼宣布，將依各縣市風險狀況、確診病例數，再撥補3萬到20萬片口罩，給醫療院所及防疫單位使用。
20日新增286例本土及1名死亡個案(案2683)，累積15人病歿。確診者居住縣市以新北市157例最多，其次為台北市87例，桃園市17例、宜蘭縣8例、彰化縣6例，基隆市5例、高雄市及台中市各2例、新竹市及雲林縣各1例。萬華活動史相關84例、茶藝館相關60例、某社團相關7例、某水果商相關4例、遊藝場相關2例。關聯不明63例、其他已知感染源38例、疫調中28例。
20日新增286例本土新北、台北仍然是重災區，分別為157人（中和40例最多）、87人（萬華40例最多）。此外，新增兩間醫院院內感染事件，分別為三軍總醫院松山分院及台北市立聯合醫院和平院區，加上日前已發生的新北亞東醫院、台北某血液透析診所、高雄仁惠醫院，累計共5起院內感染，確診者共27人。
北市府20日公布最新快篩陽性率為4.6%，顯示防疫辦法有效，但仍緊縮防疫措施。副市長黃珊珊宣布，即日起超市、夜市、地下街、攤販集中處和市場，飲食類攤商全面改採外帶或外送。19日北市徵召退休醫護人員支援疫情前線，截至目前已有1121名離職、退休醫護報名，北市預計7日內完成受訓，分派到加強版防疫專責旅館。
20日，指揮中心與22縣市召開全國防疫會議達成共識，針對各縣市疫情熱區增設篩檢站，採檢對象以去過高風險地區的民眾為主，另外，當確診民眾接到衛生單位通知，6小時內依症狀分級送集中檢疫場所或醫院。
台北市和平醫院傳出內部感染危機，醫院有三名員工一採陽性，但疫調顯示與他們院外活動有關，另外有兩位病人二採陰轉陽，持續治療中，為了安全，和平醫院今天開始暫停門診。
國內新冠肺炎疫情升溫，宜蘭縣長林姿妙20日宣布，取消今年「2021宜蘭國際童玩藝術節」，經費全數用來買疫苗，並呼籲縣議會支持，屆時也將視疫苗到貨時間，匡列優先施打對象。
台中市政府協調山海屯和城中區10家醫院、還有和平區的梨山衛生所，一共11處醫療院所，從20日開始設置快篩站，提供與確診個案有接觸史或足跡重疊者免費篩檢，而市府也在台中火車站設置鞋底消毒區，希望能全方位阻隔病毒。
國內19日新境267件本土個案，其中新北市129例（中和區26例為多）、台北市70例（萬華區31例為多），且疫情有蔓延至全國之勢，除台南市為新增縣市，雙北之外，以彰化縣新增28例最多、 桃園市16例、高雄市8例等。在267例確診中，87例有萬華活動史、73例有茶藝館接觸史，28例跟萬華葡萄酒商相關。雖然本土確診數沒有大幅增加，但因應疫情已擴大至全台過半縣市，指揮官陳時中宣布，即日起至5月28日，全台警戒等級升為第三級。
疫情嚴峻，新一批疫苗何時來台引發關注。陳時中表示，今(19)日下午3點多將有約40萬劑AZ疫苗抵台，效期至8月31日，預計一週後可供施打。指揮中心將保留部分疫苗讓高風險人士優先施打，比如醫護人員、防疫人員等，減少病毒擴散的機會。
雙北本土病例暴增，台大醫院收治一百多位確診患者，醫療量能緊繃，傳出院內工務室同仁18日出現發燒症狀，PCR採檢後確認陽性。院方緊急擴大採檢，目前36人採檢完畢，加上原本染疫的工務室同仁，共有10人陽性。院方宣布，即刻起暫停所有常規手術，進行全院同仁普篩，也呼籲民眾若有確診相關輕微症狀先前往其他醫院採檢。
雲林縣18日出現首例本土確診，但據雲林縣政府表示，此個案2149居住在元長鄉長南村，從12日接觸他姊姊至確診期間，沒有接觸其他人，所以沒匡列居家隔離和自主健康管理個案。元長鄉公所表示，因應這次疫情，公所從10天前就針對鄉內村落分批進行消毒工作，從5月初到現在，全鄉大消毒已經進行第五次，就是要讓鄉民能夠放心。
防疫期間實施實聯制，行政院政委唐鳳領軍19日推出「簡訊實聯系統」，只要用手機掃描店家QR Code，按下連結，再發送簡訊，5秒鐘即可完成。唐鳳強調，簡訊不需要收費，只要掃描QR Code就可以，將優先從中央政府機關執行，也開放連結給民間店家下載使用。
18日新增240例本土個案，分別為新北市106例(中和區33例最多)、台北市102例(萬華區48例最多)、桃園市12例、彰化縣10例、基隆市及高雄市各3例、新竹縣2例、新竹市及雲林縣各1例。其中台北茶藝館88例、萬華區活動史67例、某社團相關群聚2例、進香團2例、宜蘭遊藝場1例。群聚關聯不明51例、疫調中29例。相關疫情調查持續進行中。
18日全國本土新增240例確診，雙北仍破百例，新北市以中和33例最多，台北市仍以萬華48例居首。今日有2個案死亡，分別為案1522萬華婦人、案2095亞東醫院病患。由於疫情逐漸南移，也陸續傳出學生確診，為避免群聚感染，教育部長潘文忠宣布明起全國各級學校停止到校上課，採線上遠距教學。
北市從14日設立快篩站以來，陽性率從11%降至4.7%，台北市長柯文哲18日表示，目前減少活動就能慢慢控制疫情，並宣布新戰略：凡是快篩或PCR確診，不一定要住院，會轉往防疫旅館或檢疫所，保留醫院有效率使用。柯文哲也要求北市大型醫院配合防疫，一是成立防疫專責病房，二是要求院方提出一定比例醫護人力供衛生局調度，支援防疫旅館跟檢疫所。
板橋篩檢站昨日共檢測198人，其中有10例陽性。侯友宜坦言「陽性率還是有點高」，同時強調新北市篩檢量能充足，「篩劑一天至少有4千劑，絕對足夠，民眾不要一窩蜂跑去社區篩檢站，我們還有17所責任醫院可供篩檢。」不過因應中和地區疫情升溫，新北市政府預計最快在20日增設社區篩檢站。
17日全國新增333例本土病例，雙北皆破百例，以台北市158例最多，新北市有148例，另外桃園市10例、基隆市6例、彰化縣5例，宜蘭縣及台中市各有2例，新竹縣及苗栗縣各1例。17日，全台共計有九縣市出現本土確診個案，疫情熱區的萬華與板橋，再增130例。
陳時中宣布，5月19日零時起，暫緩未持有我國居留證之非本國籍人士入境，及暫停旅客來台轉機，預訂實施到6月18日止，但仍會依疫情狀況滾動式調整。
國內17日新增333例本土病例，其中148例在新北市。因應疫情升溫，市府已在新北聯和醫院板橋院區成立社區篩檢站，侯友宜呼籲，中央應授權地方政府做區域管制，標示高強度熱區警戒，讓地方政府可以針對不同區塊作不一樣的措施。
台北市二度召開記者會，市府以數據點出，16日篩檢1130人中有113名確診，確診率剛好達10%，確定已進入社區感染狀態。市長柯文哲宣布，除販售民生必需品之相關店家，其餘非必要營業場所則應暫停營業，並建議大學停課及非必要營業場所停止營業外，呼籲市民「自動自發封城」，副市長也認同，「讓這個城市停下來，才能夠阻斷傳染鏈」。
本土疫情持續升溫，校園防疫也拉警報，包括台北、彰化、台中以及桃園，都傳出有學校從今天開始停課的情形。教育部表示，如果學生因為疫情考量而請假，學校應該予以同意，不會列入出席率，也不會因為這樣扣分。
雙北三級警戒，但外送員、郵務士仍穿梭各地社區大樓送件，增加染疫風險。中華郵政證實，一名總公司內勤員工快篩陽性。中華郵政公司傍晚也緊急宣布，自17日起，雙北地區的郵務士暫停上樓投遞包裹、快捷郵件，並要求收件人佩戴口罩及自備簽收郵件用筆，減少直接接觸傳染風險。
16日新北市增加97例確診，其中又以板橋32例最多。新北市長侯友宜宣布4項措施，將在新北聯醫板橋院區成立社區篩檢站，防堵疫情擴散。另外啟動第一階段徵用病房，提升到656床，將無症狀及輕症患者移動到集中檢疫所隔離，並增加403間防疫旅館備戰疫情。
16日本土確診新增206例再創新高，以新北市97例最多，臺北市有89例，另外彰化縣9例、宜蘭縣及新竹縣各3例、桃園市及基隆市各2例、臺中市1例。各縣市內的疫情熱區又以北市萬華區58例、新北市板橋區32例最多。
本土疫情持續升溫，繼15日180例確診後，再新增206例本土病例及1例境外移入病例。指揮中心表示，個案疑似最早發病日為4月6日，其中新北市新增個案最多有97例，其次為台北市89例、彰化縣9例、宜蘭新竹3例、桃園基隆2例，台中市1例。
「同住家人達5人以上」並未違反規範，但若有外來親友來家裡聚會，室內總人數不得超過五人，意即家中若有三名家庭成員，則只能再容納二名親友聚會；若家中本來就有6名成員同住，則符合規定。且此規定屬於家庭、親友之間的社交聚會，並不是限制營業場所人數。違反者將依《傳染病防治法》開罰新台幣六萬元以上、三十萬元以下。
指揮中心公布萬華群聚個案中，案1424在4月23日就已發病，與華航機師與諾富特群聚事件案1091最早發病日4月16日，只差一星期。國內醫師研判，從這回萬華地區篩檢的陽性率高達10%，病毒可能已存在台灣社區至少一到兩個月。且兩起爆發群聚的時間點相近，恐非連續事件的傳播鏈，不是互相傳染，而是屬於平行事件。
本土確診數15日開始出現大暴增，一天確診已達180例，行政院對此緊急召開會議決定升級雙北的防疫層級拉高到三級。即日起到5月28日，為期兩週，八大行業即時起關閉，其他場所下午四點啟動，強烈呼籲民眾外出全程戴口罩。全國其他地區暫維持在第二級，休閒場所全數關閉，宗教遶境活動也要停止，全中小學停止對外開放。
指揮中心下午宣布雙北進入三級警戒，因國內新增185例確診病例，除5例境外移入外，180例本土病例也創下與去年同期相比的新紀錄。其中又以台北市89例最多，新北市其次有75例，彰化縣6例等。為因應快速增加的確診病患、避免負壓隔離病房不足，指揮中心將把輕症或無症狀者，轉到集中檢疫所隔離，要將醫療量能留給重症病患。
本土三大群聚染疫圖譜漸趨明朗，指揮中心再公布新的病毒基因定序結果，據醫療應變組副組長羅一鈞指出，包括獅子會、宜蘭遊藝場、萬華茶藝館的確診者的病毒基因定序，皆與華航諾富特群聚事件一致。
高雄14日出現首例本土病例案1289，為新北五股獅子會群聚案中一個確診者的女兒，高雄市趕緊補破網，今天擴大針對人潮較多的火車站、公園全面大消毒，而高雄市也把防疫層級提升為準三級。
新北五股獅子會前會長群聚感染案，延燒到高雄。其中案1229的女兒，曾回蘆洲探訪父母，共同相處約20小時，但案1229卻隱匿曾接觸女兒。直到女兒看新聞後，主動前往採檢確診，和她相關接觸者目前匡列245人，市府也針對足跡場所全面消毒。
本土疫情升溫，彰化縣也傳出有2人確診，確診者居住社區一早即啟動清消作業。彰化縣府宣布從14日起至6月8日，啟動相關防疫措施。包括全縣50多個夜市停止營業、宮廟暫緩縣內與跨縣市進香活動等多項強化人流管制措施，希望有效防堵疫情擴散。
指揮中心14日更新案1203群聚相關足跡，遍布雙北、基隆、桃園和新竹。新北市今天也啟動24小時大清消，要防堵病毒擴散，新北市長侯友宜表示，未來將在疫情嚴重的地方，設置快篩站。
14日國內新增29例本土病例，其中16例與萬華茶藝館群聚相關、5例與獅子會群聚相關、1例屬宜蘭遊藝場相關接觸者，另外有7例暫時查無流病相關性。指揮官陳時中對此表示，7例查無相關性的確診者疫調尚未完全，但依然「不準備升級到三級警戒」。
疫情指揮官陳時中指出，萬華與獅子會群聚為同一群往下延，估計是一連串的傳播鏈。不過，也因已找到輪廓，目前升級到疫情警戒第三級的可能性稍降，至於外界呼籲儘速普篩才能即時阻絕病毒，陳時中則認為，沒目的普篩會讓圍堵能力變弱。
疫情指揮中心14日公布，國內新增新冠肺炎29例本土個案、5例境外移入，確診數再創新高。本土個案分別各為16 女和13男，其中有16例與北市萬華區茶藝館相關，5例與日前確診新北獅子會會長（案1203）有關，1例與宜蘭羅東遊藝場相關，另有7例指揮中心暫認定尚查無流病相關性，疫調仍在進行中。
15日本土確診的180例中，以台北市89例最多。緊急進入防疫第三級警戒，也讓北市防疫記者會首度採線上直播進行，台北市長柯文哲一開始就喊話，戴口罩、少外出，也不要在外吃東西。同時，北市萬華設置的四個快篩站，也湧入大量人潮，對此北市府也宣布將在隔日設置第五個快篩站來因應。
因疫情持續升溫，萬華區的染疫個案經過查證與獅子會群聚案有連結，13日公布的新一波確診者足跡，萬華的茶室街店家又增加了美金飲酒店、珠海清茶館，還有良食小吃店。為了避免疫情持續擴散，北市府特別向萬華分局下令，要求轄內172家茶室停業3天，環保局也調派大批人員入店逐一消毒。
確診的基隆婦人5月1日曾跟團搭遊覽車到南部進香，且在另一家宮廟的香客大樓住宿，高雄市府針對相關接觸名單疫調匡列，去過的地點也進行環境消毒。
台北萬華區再增3名茶藝館員工確診，分別是40多歲女性的案1247、30多歲女性的案1252以及50多歲女性的案1254，在萬華區內3家不同茶藝館工作，3人於5月8至10間陸續出現症狀，並曾至診所就醫，後續分別於5月11、12日至醫院採檢，在今日確診。
12日新增新冠肺炎案例共21例，分別為4例境外移入、16例本土個案及1例調查中，同時也是指揮中心自2019年底成立以來，單日最高本土確診數的一日。
衛福部長陳時中12日赴立法院備詢時說，如果沒有做好疫情防堵，近日內疫情警戒很快就會升至第三級。不過現在仍維持第二級疫情警戒，同時宣布啟動防疫6大方向。
社區感染危機也刺激民眾施打疫苗意願，大型醫療院所自費施打門診都已額滿。指揮官陳時中表示，國內仍有約18萬劑庫存，其中五月底到期的第二批疫苗仍有約11萬劑未施打，「以前大家擔心打不完，現在可能要擔心打不夠。」
國內新冠肺炎病例5月13日新增13例本土確診個案，其中9例與案1203獅子會前會長有關、4例與萬華茶藝館有關。萬華區已有7人確診，指揮中心匡列特定區域、鎖定4月15日至5月12日曾到該地區的民眾，發送約60萬封簡訊，提醒區域內民眾若有相關症狀，應盡快就醫採檢。
國內感染科醫師認為，台灣已經進入社區傳染第三波傳播鏈，尤其無症狀感染者更要警戒，避免造成防疫破口，民眾要持續提高警覺。新光醫院指出，自諾富特群聚案以來，醫院加強擴大採檢能量，才驗出案1203前獅子會會長確診，這幾天來篩檢站檢驗量也暴增，光12日單日就採檢50人。
衛福部長兼中央流行疫情指揮中心指揮官陳時中今天上午赴立法院備詢，事前接受媒體聯訪時表示，目前疫情雖然嚴峻，但源頭似乎可以看得出來，因為蘆洲、宜蘭、諾富特等病例，病毒基因定序完全相同，雖然現在還無法連結人與人接觸的情況，不過陳時中強調，傳播鍊似乎漸趨明朗。
各大專校院除了積極落實入校實聯制，台大、台師大、陽明交大等大專院校，將100人以上課程改為線上教學。
11日新增7例本土個案，其中包含2起感染源不明的社區感染，足跡橫跨宜蘭、新北。12日陳時中至立院備詢時表示，「這次若沒有防堵好，近日內很快就會提升到第三級。」
新北市新增一名不明感染源個案，該名個案自行至新光醫院急診就醫，當下醫師當機立斷通報採檢確診，阻隔社區擴散風險。
台北市24個考場採取實名制、進入考場要全程配戴口罩，也不開放陪考。考生若未戴口罩，經勸導不配合者，該科以零分計算。午餐用餐校方則會提供多功能隔板，用餐不宜交談，需維持社交距離。
5月11日除新增1例為華航機師接觸者，另有6例感染源待釐清，分別是宜蘭羅東遊藝場群聚5例(案1202、案1208至案1211)、新北市蘆洲1例(案1203)。案1202在宜蘭羅東「銀河百家樂」工作，案1208至案1211為其同事；案1202足跡則在新北市，出沒地點包括新莊市「晶華亭」餐廳、蘆洲區「來來按摩」和「大風車婚宴會館」。5月13日公布確診個案新足跡，遍布北北桃竹。針對萬華群聚，指揮中心寄送疫情警訊。
宜蘭羅東共六件本土確診個案，感染源皆暫列為待釐清。陳時中定調台灣已經進入社區感染，「有沒有隱形帶原者？我相信多多少少都有一些。」
萬華茶室工作的確診婦人（案1221）發病前，5月7日曾參加進香活動前往彰化兩間宮廟，彰化縣衛生局一共匡列39人居家隔離，也陸續進行消毒。吸引大批賞金針花人潮的花壇虎山巖，也因為無法落實防疫，被縣府要求關閉。另外網傳案1217的基隆婦人，曾隨團到過南投紫南宮參拜，雖未獲指揮中心證實，南投縣府也派人消毒。
宜蘭小二男童班級停課、居家隔離14天 宜蘭遊藝場群聚確診的小二男童，該班級今天停課，居家隔離14天，校方也決定明後兩天全校停課，加強環境消毒。
基隆確診婦人曾參加南部進香團，基隆市長林右昌證實，有2名消防人員在救護車載送時與確診者接觸，列為隔離對象。
2例確診者在萬華「鴻達茶藝館」及「楓香清茶館」工作，環保局特別加強鄰近茶室的三水街附近街道、捷運龍山寺站等處消毒。
指揮中心宣布即日起至6月8日，疫情警戒從「未分級邊緣」提升至第2級「社區感染」，要求民眾外出一定要配戴口罩，公共場所應落實「實聯制」和體溫管制，並停辦室外500人以上、室內100人以上的集會活動。在大眾運輸方面，臺鐵、高鐵、客運等大眾運輸禁止飲食，5月15日起雙鐵城際列車禁站票。全國醫院及長照機構，停止開放探病及探視，陪病及陪伴者仍為1人。
原本國定重要民俗「六房媽過爐」，預定5月22日舉行，但經中華民國六房媽會幹部開會取得共識，召開臨時會員代表大會決議，將比照去年採「過爐不遶境」方式進行，參與人員需做好防疫，並配合紅壇實名制及人流管制措施。
宜蘭縣府宣布5月13日起暫停開放全縣16處的風景特定區，並關閉到6月8日。此外，針對八大行業難以落實防疫措施，縣府也要求暫停營業到6月8日。
熱門的旅遊地區台東縣，5月13日起針對車站和觀光景點共331個熱點進行消毒，並提高頻率一週消毒1-2次，提高旅遊地區防疫。
五大連鎖速食業者及百貨量販店啟動實聯制，消費者要登錄聯絡資訊後才能進入餐廳，居家賣場。
中華職棒大聯盟宣布6月8日前賽事都改採不開放觀眾進場的閉門比賽。
全大運主辦單位表示，選手、工作人員都有專屬的QR Code，掃描後若亮起紅燈或黃燈，顯示去過確診者行經的足跡，就不能進入場館，另外場內也會管控人數。
中部藥局表示，口罩和酒精銷量增加2到3倍。藥師表示貨源充足，民眾不用過度囤積，指揮官陳時中也在記者會提醒民眾不用搶購。
墾丁飯店業者表示，6月8日前至少有一千多個房間都被延期或取消。航港局宣布郵輪類出國跳島特許航線「預防性停航」；觀光局針對國旅團說明，旅客若不願意延期，業者應扣除必要費用，全額退費。
針對華航諾富特群聚感染事件，10日桃園市宣布將延長社區防疫等級管制5月30日，11日，鄭文燦對「清零計畫」表達支持，並宣布台北諾富特華航桃園機場飯店14日後作為專責防疫旅館，即員工解除居家隔離後不再營運，他也向中央建議旅館人員一律要打疫苗。
總統蔡英文：防疫物資跟醫療系統都是充足的 總統蔡英文5月12日親上火線發表談話，呼籲團結防疫守台灣，並表示目前防疫物資和醫療系統充足，疫苗也會陸續到位，呼籲大家不要恐慌，也提醒民眾不要轉發來路不明的假訊息。
行政院長蘇貞昌11日上午臨時視察中央疫情指揮中心，受訪時指出，台灣疫情有新狀況，呼籲國人「該收心了」，能打疫苗的族群盡早打疫苗。
對於「校正回歸」導致新北市確診數爆增384例，新北市長侯友宜表示，21日晚上得知消息後，有跟衛福部長陳時中通電話，「他很誠懇的跟我說，他也在找原因。」今天指揮中心記者會上，陳時中作出解釋後，侯友宜也說，中央、地方在通報上的確存在時間上的落差，因為篩檢塞車，光新北市最高達落差6天。侯友宜呼籲，成立國家篩檢隊，中央地方防疫一起來，以免時間落差造成防疫破口。
宜蘭縣11日有5人確診，30人多人匡列篩檢。是否會因疫情停辦童玩節？縣長林姿妙回應，「該停就停，該辦就辦」，以防疫工作優先，視情況發展再評估。
22日為全台提升至三級警戒的第一個週末，指揮中心宣布今日新增321例本土個案，以及400例自5月17日至5月21日因檢驗延遲通報的個案，共計721例本土確診。指揮官陳時中表示，「一定要回歸回去，才能看清疾病發展情況」，且不能單以721例解讀疫情，「沒有蓋牌，而是掀牌」。此外，今日再增2名死亡案例，皆為70歲以上男長者，其中一名無接觸史、活動史，20日死亡後採檢確診。
確診的基隆婦人5月1日曾跟團搭遊覽車到南部進香，且在另一家宮廟的香客大樓住宿，高雄市府針對相關接觸名單疫調匡列，去過的地點也進行環境消毒。
18日教育部宣布，19日至28日止，全國各級學校及公私立幼兒園停止到校上課。大專院校及高中以下改採線上教學。
新北市長侯友宜今 (11) 日表示，新北市對於疫情隨時掌握，已做好防疫升級準備，至於是否跟進延長管制時間，將視接下來幾天的疫情變化滾動檢討。
指揮中心表示，今日新增之240例本土個案，分別為新北市106例(中和區33例最多)、台北市102例(萬華區48例最多)、桃園市12例、彰化縣10例、基隆市及高雄市各3例、新竹縣2例、新竹市及雲林縣各1例。其中臺北茶藝館88例、萬華區活動史67例、某社團相關群聚2例、進香團2例、宜蘭遊藝場1例。群聚關聯不明51例、疫調中29例。相關疫情調查持續進行中。
指揮官陳時中11日臨時記者會中表示，「現在已經不是社區感染『邊緣』，而是已經進入社區感染。」定調疫情已進入社區感染。
11日爆出不明感染源的本土病例，柯文哲下午記者會表示，台北市即刻拉升防疫等級，停辦台北市室內100人以上、室外500人以上活動，探病、畢業旅行等活動也必須禁止。
5月11日除新增1例為華航機師接觸者，另有6例感染源待釐清，分別是宜蘭羅東遊藝場群聚5例(案1202、案1208至案1211)、新北市蘆洲1例(案1203)。案1202在宜蘭羅東「銀河百家樂」工作，案1208至案1211為其同事；案1202足跡則在新北市，出沒地點包括新莊市「晶華亭」餐廳、蘆洲區「來來按摩」和「大風車婚宴會館」。
桃園市宣布將延長社區防疫等級管制至5月30日，11日鄭文燦對「華航清零計畫2.0」表達支持，並宣布諾富特桃園飯店1、2館在員工14日解除居家隔離後，不再營運，轉作為專責防疫旅館。
