五院制的構想，出自國父孫中山，他基於三民主義思想，創立獨步全球的憲政制度。有別於西方國家採取的三權分立制度，孫中山的五權憲法除了原有的行政、立法、司法權以外，設置了監察權與考試權。
2020年6月，總統府公布第6屆監察院正副院長和監察委員名單，引發軒然大波，因為被提名的陳菊、黃健庭和陳伸賢等人，都被指控在過去的職務涉及彈劾案和糾正案；同時在野黨也批評蔡英文，在競選總統時高舉「廢考監院」旗幟，卻遲遲沒有動作，還把監委名單「提好提滿」。
2016年7月立法院通過《不當黨產處理條例》，監察院收到民眾陳情，認為該條例違憲。2017年，監院立案調查，並向司法院申請釋憲。2018年，大法官審查後認為，憲法並未賦予監察院有法律違憲審查權或專屬聲請權，決議不受理。監委行使的調查權，是否為憲法明定監察權內容，成為本案焦點。
前任檢察總長黃世銘，因洩密案在2013年遭監察委員提案彈劾，二度彈劾卻都沒有過關，引發國人以及民間司改會不滿，認為監察院「只能打蒼蠅，不能打老虎。」根據監察法，監委不得對同一人、同一案由再提彈劾。隔年一月，經銓敘部核准，黃世銘正式退休。
2019年底，選戰打得熱烈，司法院與監察院的職權之爭也吵得火熱。監察委員陳師孟，打算約詢「前總統馬英九洩密案」的一審法官唐玥，引發法界反彈，司法院認為監委陳師孟的行為是「逾越監察權分際」，陳師孟反批，「唯一能制衡司法權的就是監察權。司法在台灣不是正義最後防線，而是保守勢力。」
雖然考試院沒有引起非常大的爭議事件，但是卻長期被戲稱「養老院」，因為考試委員為政治任命，歷屆都被批評政治酬庸氣息濃厚。在組織架構上，考試委員和考試院長平行，領的是「部長級」薪水，被認為實權高責任卻少，造成人事費用不合理的負擔。因此一派人認為應廢除考試院，並將其職責併入行政院；但是亦有另一派的人認為，唯有將考試院獨立，才能確保國家考試真正超然公正。
2017年的年金改革風波受到全國關注，握有公務人員的退休、撫卹等執掌的考試院難得成為焦點，由於在當時考試委員尚有半數以上是馬政府時代任命的，引發考試院杯葛年改時程的憂慮，雖然考試院如期提出自己的草案版本，但是其退休金計算都比政院版「砍的更少」，被批評為「放水版」。國家的人事管理無法與政策單位同步改革這一點，使得考試院的存廢再次被討論。
時事與內閣改組，牽動考監院是否該廢除之爭，塵埃落定前，考試院在2019年末，進行了一次大瘦身。考試院組織法修正案於立院初審通過，考委名額從19人縮減至7-9人，另外也規定考試委員不得赴中兼職。考試院組織法修正案通過，是否能有效改善行政效率？還是增加未來院際糾紛？朝野意見各異。
