南方澳第一拍賣魚市場開幕一個多月，先前有攤商抱怨租金高，如今有漁民表示，過去在南寧魚市場漁船靠近卸貨，從來沒有收過清潔費與管理費，但在第一拍賣魚市場卻要收費實在不合理；漁會表示，市場經營要考量收支平衡，且基於使用者付費，所以酌收管理費與清潔費。
南方澳第一拍賣魚市場開幕後，不少漁民都會把船停靠在市場旁卸漁貨，但經營魚市場的漁會向卸貨的漁民酌收清潔費與管理費，引發漁民不滿。
漁民表示，「漁會當作人這麼好討生活嗎？現在漁業資源這麼好嗎？市場什麼都要收錢，乾脆開飯店最好賺。」
漁民認為，過去在南寧魚市場，漁船靠近卸貨從來沒有收過清潔費與管理費，第一拍賣魚市場卻要收費，也有漁民認為，市場也沒有幫漁民處理漁獲，上下貨都要自己搬，向漁民收費實在不合理。
有漁民稱，「我魚沒有給市場處理，它要跟我收什麼錢？也沒拍賣，它也沒辦法幫我們拍賣，也沒有幫我們處理魚。」
南方澳第一拍賣魚市場開幕營運一個多月來爭議不斷，先被抱怨市場內攤商租金太高，如今漁船停船卸貨又出現收費爭議，根據第一拍賣魚市場作業管理規章，漁民到市場卸貨是依照漁獲量酌收管理費與清潔費。
蘇澳漁會市場行銷管理部主任莊嗣毅指出，「我們還有一些基礎設施也要做，還有就是碼頭的清潔、維護都要費用，其實我們現在收的費用根本是入不敷出，根本就不夠。」
蘇澳區漁會說，市場經營要考量收支平衡，清潔、基礎設施都是成本，基於使用者付費，所以酌收管理費與清潔費，收取這些費用，之前都已跟漁民溝通過，會繼續與漁民溝通、協調。
