基隆市2歲確診男童5月13日晚間高燒42度，被送往衛福部基隆醫院急診，因醫院無兒童加護病房，衛生局協調四家醫院也都都沒有空床，最後聯繫上台北榮總收治，但到院後，持續搶救仍不治，衛福部次長薛瑞元認為，基隆市衛生局應該善用「緊急醫療應變中心機制」，用系統查看病房情形，引爆基隆市衛生局不滿，強調系統病床為浮動，當天是一邊看系統一邊打電話，雙軌並行。
基隆市衛生局長吳澤誠表示：「一通電話只要1分鐘、2分鐘、3分鐘，就可以解決這家醫院到底有沒有，那系統是每個小時在更新，但是每個小時有時候還是會有個落差。」
中央流行疫情指揮中心指揮官陳時中表示：「次長並沒有要指責任何人的意思，也沒有說特別指基隆衛生局是怎麼，只是說有這樣的程序，大家可以更加善用，在流程的銜接上或許有一些不順暢，但是在執行業務的當事人，並沒有延誤的情形。」
指揮中心緩頰，轉院流程可能不夠順暢，不過當下執行業務的人並沒有延誤，只是本土疫情進入流行期，統計今年初至今，國內超過6萬名0到9歲兒童確診，雖然目前兒童專責病房有221張空床，北部各大醫院都有2位數以上空床，但第一線醫師坦言，近年因少子化及公衛進步，兒童感染重症減少，因此兒童重症的醫療人力、設備吃緊。
台灣感染症醫學會名譽理事長黃立民表示：「如果兒童的重症，真的還是持續會出來的話，專責醫院裡面的兒童病床，或者兒童的加護病房就要開始來運作，最主要是要有足夠的人力進駐，因為整個加護病房是要很吃人力的。」
兒童急診醫學會榮譽理事長夏紹軒表示：「兒童的疾病，尤其是傳染性的疾病大幅度的減少，醫院裡面的不管是兒科的急診門診，還是病房住院等等，它的量能都不斷在下降當中，大量的兒童的確診傷患進入到醫院的話，自然它的量能就會感覺會比較不足。」
而原定在5月12日抵台的輝瑞兒童劑型新冠疫苗，因資訊系統有問題，延宕到16日抵達，清晨5點44分，由華航貨機順利運回，指揮中心表示，這一批輝瑞兒童劑型疫苗，共有77.76萬劑，檢驗封緘作業後，再提供給5到11歲兒童接種，指揮中心評估，數量足夠，想打的都可以打得到。
