衛福部持續針對國人牙齒健康狀況追蹤調查，其中6歲到18歲兒童及青少年，口腔健康受手搖杯飲料影響不小，統計顯示，若每天喝3杯以上手搖杯飲料，恆齒齲齒會是不喝者的2倍以上。
加入冰塊、配料，飲品現搖裝杯，沁涼又能客製化，手搖飲在台灣盛行，也受到兒童和青少年青睞。衛福部針對國人齲齒統計的研究資料顯示，手搖飲對6到18歲兒童和青少年牙齒健康影響很大，若每天喝3杯，恆齒蛀牙率是不喝者的兩倍以上。
口腔醫學論壇委員會執行長陳彥廷指出，「含糖飲料在口腔裡面經過一段時間會產生酸性物質，那對我們牙齒來講它就會比較，第一個就是它會軟化，第二個細菌的作用，它就容易造成蛀牙的破壞。」
研究顯示，到2020年為止，我國12歲學童的恆齒齲齒經驗指數平均值2.01顆，較2012年的2.5顆下降，但仍比全球平均值的1.67顆高出許多。衛福部分析，手搖飲在台灣風行的文化，確實對學童牙齒健康有很大影響，因此會持續將手搖杯飲料攝取量，納入齲齒統計並分析。
衛福部心理及口腔健康司司長諶立中表示，「這些年其實台灣的手搖飲料非常盛行，從珍珠奶茶到各種各樣甜的手搖飲料，那又便宜又方便，到處都有這些甜飲店，所以大家變成有這種習慣，對小孩或是青少年口腔健康都是非常不好的。」
家長則說：「通常其實基本上糖果或者是一些果凍，我們其實沒有太給他吃，其實基本上連我們擠柳丁汁或是果汁，我們都會再加一點水做一點稀釋。」
也有家長認為，「不能夠完全禁止小朋友對含糖量的攝取，但是我們自己就是在，我們自己對小朋友的每天攝取量的限制，都會有就是有一個標準。」
衛福部坦言，手搖飲取得容易，對於愛喝飲料的學童來說，即便學校禁售含糖飲品，還是很容易買到飲料，建議家長可以教育孩子，從小就養成不喝飲料的習慣，從幼兒開始就可以每天至少使用一次含氟牙膏刷牙，衛福部也在研議食鹽添加氟的可行性，希望降低國人的齲齒率。
