台灣感染症醫學會理事長黃立民表示，「大量的接種就會面臨跟流感疫苗一樣，就會出現大量的不良事件，當你很難馬上釐清不良事件跟疫苗有沒有關係，可是這種情況會讓民眾對疫苗會產生疑慮，甚至就會不打。」
另外，還有施打後保護力能維持多久、不同年齡層免疫效果也不同、後續要如何調整接種頻率等問題。不過最令專家擔心的，還是首次使用的RNA疫苗，因為RNA蛋白質可以調控許多疾病表現，但是透過疫苗把某段RNA丟到細胞裡面，會產生什麼樣細胞變化，目前沒有人知道答案。
台大醫院感染科醫師張上淳表示，「RNA疫苗確實過去是沒有，正式的使用的疫苗是所謂的RNA疫苗，它的初期的臨床試驗看起來確實也是有它的效果，所以現在當然還是等著它們三期的臨床試驗，看到底成效如何。」
此外，專家強調，疫苗開發涉及經濟，如果新冠肺炎流感化，每過一陣子就得施打一次，不僅廠商會賺錢，開業醫師也有收入，對國內疫苗生技產業發展有利。
