根據立法院預算中心調查資料顯示，去年國發基金投資46家公私合營事業中有19家虧損，等於投資標的超過四成虧損。有學者質疑，其所投資的事業有不少公司已連續虧損多年，卻沒設停損點反而繼續投入，等同將納稅人的錢丟到水裡，和弊案沒兩樣。國發會則回應，所有投資都是政策性考量，雖有虧損，但整體來說仍有盈餘，去年獲利134億。
國發基金成立主要目的是為扶植國內產業發展，不過近來虧損多，根據立法院預算中心調查發現，去年國發基金投資46家公私合營事業裡就有19家虧損。
國發會副主委鄭貞茂則回應，「看看我們政策任務達到了沒有，才能決定（虧損）是不是要出場。從大概五年前的60幾億，一直到去年，我們成長到134億。」
國發會澄清，雖然投資有虧損，但也有獲利。不過，國發基金投資企業中，不少生技產業已連續虧損多年，包括藥華醫藥、國光生技等六家公司，已連續5年虧損；另外，投資的新創產業，例如電動機車大廠Gogoro，也連續2年虧損。投資46家企業，有超過4成以上呈現虧損狀態，有學者質疑，國發基金投資沒設停損點，等於掏空納稅人的錢。
文化經濟系教授柏雲昌認為，「（懷疑）投資的對象都是他們的親朋好友，根本就是爛怎麼會賺錢？台灣國發基金的錢全部來自於國家，來自於國家的話就是來自於老百姓，最重要的目的還是要幫助台灣的企業成長。」
國發會說明，投資公司具退場機制，只是部分生技公司投資研發需要時間較長，長遠來說，政府應該給予支持。但學者認為，國發基金應該師法新加坡國發基金，直接投資有潛力的新創事業，不要繞彎轉投資，才能避免弊案發生。
